Tutkimusmenetelmien ja -infrastruktuurien avoimuudesta linjattiin kansallisesti

9.6.2023

Aurinkoa vasten kuvattu tienpinta, jossa on valkoinen nuoli. Se osoittaa ihmissiluetteja kohti.

AVOTT-kesäpäivillä julkaistiin Tutkimusaineistojen ja -menetelmien avoimuuden linjaus, jonka toinen osalinjaus tutkimusmenetelmistä ja -infrastruktuureista vahvistaa kansallista linjauskokonaisuutta.

Uusi linjauspaketti yhdistää vuonna 2021 julkaistun osalinjauksen tutkimusdatan avoimesta saatavuudesta ja uunituoreen osalinjauksen tutkimusmenetelmistä ja -infrastruktuureista. Linjauksessa tarkastellaan avoimuutta osana tutkimuksen laatua ja vaikuttavuutta tutkimuksen koko elinkaaren ajan.

Tutkimusmenetelmien ja -infrastruktuurien avoimen saatavuuden osalinjaus rakentuu kolmesta yleisestä tavoitteesta sekä toimenpiteistä, joiden avulla tavoitteita toteutetaan. Ensimmäinen tavoite tukee tutkimuksen kokonaislaatua ja vaikuttavuutta. Toinen tavoite keskittyy tukipalveluihin ja -infrastruktuureihin, ja kolmannen tavoitteen tarkoituksena on selkeyttää sopimista tutkimusmenetelmiin ja -infrastruktuureihin liittyvistä oikeuksista ja ehdoista.

Tutkimustuotoksen käsite laajenee

Mikä tutkimusmenetelmä tarkalleen ottaen on? Linjauksessa hyödynnetään Tieteen termipankin määritelmää: tutkimusmenetelmät ovat "järjestettyjä ja dokumentoituja menettelyitä, joiden avulla toteutetaan tutkimusta ja työskennellään tutkimuskysymysten ja -aineistojen parissa tutkimustuotosten tuottamiseksi”. Käytännössä tämä kattaa laajan kirjon toimintoja ja artefakteja, aina laitteistoista ja niiden asetuksista ohjelmistojen ja algoritmien kautta haastatteluoppaisiin ja tutkimuspäiväkirjoihin.

Jo Tutkimusdatan avoimen saatavuuden osalinjauksen yhteydessä kansalliseksi päämääräksi asetettiin tutkimusaineistojen ja -menetelmien tunnistaminen itsenäisiksi tutkimustuotoksiksi. Tätä painotetaan myös uudessa osalinjauksessa. Tutkimusmenetelmien katsotaan yhä useammin olevan itsenäisiä tutkimustuotoksia, ja niitä julkaistaan eri kanavissa, esimerkiksi erillisissä data- tai menetelmäjulkaisuissa, avoimissa repositorioissa ja mikrojulkaisuissa.

Tutkimustuotoksen käsitteen laajeneminen julkaisuista erilaisiin tuotoksiin edellyttää tutkimuksen arvioinnin uudistamista. Kannustimet ja arviointi eivät vielä riittävästi huomioi avointen tutkimusmenetelmien ja -infrastruktuurien merkitystä, ja siksi on tärkeä kehittää keinoja käsitellä myös näiden avoimuutta tutkimuksen arvioinnissa.

Infrastruktuurit tutkimuksen mahdollistajina

Uuden osalinjauksen toinen pilari on tutkimusinfrastruktuurit ja niiden avoimuus. Myös tutkimusinfrastruktuuri on moniulotteinen käsite, ja linjauksessa on pyritty antamaan kattava määritelmä sen osatekijöistä. Määritelmän ytimessä on välineet, laitteet, tietoverkot, tietokannat, aineistot ja palvelut, joiden avulla tuetaan tutkimusta, tutkimusyhteistyötä sekä tutkimus- ja innovaatiovalmiuksia. Tutkimusinfrastruktuurit voivat olla yksipaikkaisia, hajautettuja, virtuaalisia tai näiden yhdistelmiä: kirjastoja, kasvihuoneita, tutkimusmetsiä ja -navettoja, laboratorioita, tietokonelaitteita, tietokantoja, ohjelmistorepositorioita.

Osalinjauksessa painotetaan, että mahdollisimman monella tulisi olla avoin pääsy julkisrahoitteisiin tutkimusinfrastruktuureihin. Avoin saatavuus ei kuitenkaan välttämättä tarkoita maksuttomuutta, mutta keskeistä on, että tällaiset infrastruktuurit ovat voittoa tavoittelemattomia – kustannusten tulisi olla tutkimuskäytössä mahdollisimman pienet.

Tutkimusmenetelmien ja -infrastruktuurien avoimuus sisältää useita osatekijöitä, kuten läpinäkyvyyden, löydettävyyden, saavutettavuuden ja jaettavuuden. Myös uudelleenkäytettävyys on olennainen osa avoimuutta. Käytännössä avoimuutta voi toteuttaa monin tavoin, esimerkiksi esirekisteröinnin, dokumentaation ja FAIR-periaatteiden avulla, hyödyntämällä avoimia lisenssejä ja kehittämällä avoimen lähdekoodin repositorioita.

Tutkijan ääni: ”Ponnistus on yhteinen”

Juan Miguel Valverden valokuva.

Miltä linjauksen tavoitteet, eli avoimuus, toistettavuus ja vaikuttavuus, näyttävät käytännössä, tutkijan työssä? Juan Miguel Valverde on avannut tutkimusmenetelmiään jo pitkään, ensin väitöskirjatutkijana ja nyt postdoc-tutkijana Itä-Suomen yliopiston A. I. Virtanen -instituutissa. Valverde työskentelee lääketieteellisten kuvien segmentoinnin ja syväoppimisen parissa, mikä tarkoittaa työkalujen kehittämistä lääketieteellisten kuvien, kuten magneetti-, tietokonetomografia- ja röntgenkuvien analysointiin.

Käsin tehtynä segmentointi voi kestää jopa pari viikkoa. Kuvat avataan 3D-ohjelmassa ja tutkittava alue, esimerkiksi vaurioitunut kudos, merkitään osalle kerrallaan. Kun hyödynnetään syväoppimista – arkikielellä tekoälyä – koko prosessi kestää muutaman sekunnin. Vaikka tämäkin vaatii ihmisen panosta, hyödyt ovat huomattavat.

Valverden tutkimuksessa menetelmien avaaminen tarkoittaa lähdekoodin jakamista. Prosessin tekninen puoli on hänen mielestään helppo: "Valitset tiedostot tietokoneeltasi, pakkaat ja lataat verkkoon", hän kiteyttää. Sen sijaan tutkimusaineiston avaaminen on muodostanut pullonkaulan, sillä hän käyttää kaupallisen yrityksen omistamia kuvia eikä hänellä ole lupaa avata aineistoa itse. Valverde on ratkaissut tämän ohjaamalla kiinnostuneet yritykseen, joka hoitaa käyttöluvat itse. Valverde puolestaan varmistaa, että aineisto on kuvattu mahdollisimman yksityiskohtaisesti – hänen kehittämiään menetelmiä voi käyttää myös näkemättä aineistoa, varsinkin jos työstää samankaltaisia kuvia.

Valverdellä on kaksi neuvoa niille, jotka haluavat avata menetelmiään. Ensinnäkin hän suosittelee käyttämään GitHubia tai vastaavaa repositoriota sekä koodin varmuuskopiointiin että sen julkaisemiseen. Järjestelmä saattaa tuntua hankalalta alussa, mutta opetteleminen helpottaa elämää tutkimusprosessin edetessä. Valverden toinen neuvo koskee dataa. Hän kehuu Suomen hyviä palveluita, kuten CSC:n Fairdata-palveluita, mutta hän suosittelee myös datan versiointiohjelmia, varsinkin jos data kasvaa tai muuttuu tutkimusprosessin aikana. "Tutustu saatavilla oleviin työkaluihin ja opettele käyttämään niitä mahdollisimman varhaisessa vaiheessa", Valverde tiivistää. "Säästät aikaa myöhemmin, ja työkaluja voi käyttää muissakin hankkeissa."

Miksi tutkijan sitten kannattaisi ryhtyä tähän kaiken muun tekemisen lisäksi? Avaamisesta on suoraa hyötyä ansioluetteloa ajatellen, Valverde sanoo. Julkaisuihin viitataan enemmän, yleisö kasvaa – muut tutkijat ottavat yhteyttä ja verkosto laajenee. Valverde korostaa myös toistettavuuden merkitystä, ja huomauttaa, että tutkimusprosessin läpinäkyvyys ja erilaisten tutkimustuotosten varhainen jakaminen ovat tärkeä osa tätä.

Avaaminen tuo myös aineettomia, henkilökohtaisempia hyötyjä. Julkisin varoin rahoitettuna tutkijana Valverde tuntee työskentelevänsä yleisen edun eteen eikä vain itsensä tai ansioluettelonsa hyväksi. Tutkimusprosessin tekeminen mahdollisimman avoimeksi on hänelle sekä velvollisuus että merkityksellisyyden lähde: "Tunnet, että autat. Avaaminen yhdistää meidät vahvemmin yhteiskuntaan, ponnistus on yhteinen."

Linjaustyössä vahva tutkijaedustus

Tuore osalinjaus on laadittu AVOTT-koordinaation tutun mallin mukaan: linjaustyöryhmän toiminta on ollut avointa, ja koko tutkimusyhteisöä on osallistettu avoimen kommentoinnin avulla. Työryhmätyöskentelyyn on osallistunut niin tutkimusdatan hallinnan asiantuntijoita kuin tutkimus- ja kehittämisasiantuntijoita, ja työryhmässä on ollut laaja tutkijaedustus.

Tuore osalinjaus – kuten linjaus kokonaisuudessaan – kattaa kaikki tutkimusalat. Tutkimusalojen monimuotoisuus luo kuitenkin haasteita avoimuuden soveltamiselle ja toteuttamiselle. Kuten toimenpiteissä todetaan, on tarpeen laatia myös tarkempia suosituksia ja ohjeistuksia, joissa huomioidaan tieteenalojen väliset erot.

Linjauksessa kuitenkin todetaan, että Suomessa on jo otettu merkittäviä askelia kohti asetettuja tavoitteita: kansallisilta tutkimusinfrastruktuureilta edellytetään selkeitä avoimen saatavuuden ehtoja, avoimia lisenssejä käytetään yhä enemmän ja tarve parantaa tutkimustuotosten läpinäkyvyyttä ja uudelleenkäytettävyyttä on laajasti tunnistettu. Näiden saavutusten pohjalta on hyvä tarkentaa ohjeita, edistää yhteistyötä ja tukea avoimuuden kulttuuria.